O CIIE, estrutura-se em duas áreas distintas, nomeadamente a área administrativa e a área cientifica.
Na área administrativa o centro apresenta a seguinte estrutura: Director do Centro e Secretario executivo.
Na área cientifica, o centro apresenta a seguinte estrutura: Departamento de Pesquisa e Extensão e o Departamento de Género e Inclusão.
Os departamentos serão compostos por grupos de pesquisa
Os departamentos, quando estiverem reunidas condições para o efeito, possuirão observatórios.

Secretário executivo do Centro
O Secretário executivo do centro é um membro efectivo do Centro, nomeado pelo Reitor, sob proposta do Director do centro. Compete ao Secretário executivo do centro:
a) Apoiar ao Director do centro na gestão dos recursos humanos, patrimoniais e financeiros do centro, no respeito das normas vigentes;
b) Apoiar ao director do centro no controlo do cumprimento das decisões tomadas pelos órgãos do centro;
c) Garantir a existência de condições necessárias para a realização das reuniões do centro;
d) Secretariar as reuniões dos órgãos do centro;
e) Garantir, em tempo útil, a circulação das sínteses das reuniões dos órgãos do Centro e
f) Garantir a compilação, disseminação e o arquivo de documentação relativa às reuniões dos órgãos do centro.